脂質異常症には遺伝的な要因と環境（生活習慣）の要因の両方が関わっています。

また、肥満や他の病気が原因で脂質異常症になることがあり、続発性脂質異常症と言います。

遺伝的要因

LDL受容体遺伝子などの変異あると家族性高コレステロール血症になります。このタイプは食事や運動での脂質代謝の改善が難しく、医師の指導のもとで薬物療法を進める必要があります。また、遺伝的要因のためリポ蛋白リパーゼという酵素やアポリポ蛋白という脂質代謝を活性化させるタンパク質の働きが低いとコレステロールが高くなります。

生活習慣の要因

不健康な食事、運動不足、喫煙、過剰な飲酒、肥満などが脂質異常症を引き起こす主な原因です。特に、脂肪分の多い食事や甘いもの（糖質）の摂りすぎは、LDLコレステロールと中性脂肪を増加させます。また、運動不足によってHDLコレステロールは低下します。

他の病気が原因

• 肥満…中性脂肪↑
• 甲状腺機能低下症…LDLコレステロール↑
• 慢性腎臓病…中性脂肪↑
• 2型糖尿病…LDLコレステロール↑、HDLコレステロール↓、中性脂肪↑
• クッシング症候群…LDLコレステロール↑、中性脂肪↑
• 褐色細胞腫…LDLコレステロール↑、中性脂肪↑
• 閉塞性黄疸…LDLコレステロール